Lương Khải Siêu và cụ Phan thường bút đàm với nhau. Qua nội dung của các thư mà ông Lương Khải Siêu viết cho cụ Phan đều khuyên cụ không nên “cầu” và “tin” vào ngoại viện, lại càng không nên để Nhật đưa quân vào nước giúp Việt Nam giành độc lập, việc trước tiên nên làm là chú trọng vào việc giáo dục quần chúng, đánh động họ thức tỉnh lòng yêu nước, chờ đến khi ý thức cách mạng của mọi người đã sẵn sàng, lúc đó mới làm cuộc nổi dậy… Lương Khải Siêu còn giới thiệu cụ Phan với hai nhân vật quan trọng của Đảng Tiến Bộ (đảng đang cầm quyền ở Nhậ là Bá Tước Ôi Trọng Tín (Okuma Shigenobu)  và Thủ Tướng Khuyển Dưỡng Nghị (Inukai Tsuyoshi), nhờ hai vị này xin chính phủ Nhật giúp đỡ Việt Nam đánh đuổi Pháp. Cả hai ông nầy nói với cụ Phan:
- Thứ nhất, chưa thích hợp đưa quân Nhật vào giúp Việt Nam để đánh Pháp trong lúc này;
- Thứ hai, chỉ nhận việc giúp đỡ Hội Chủ Cưởng Để đến Nhật lánh nạn (khỏi bị Pháp bắt);
- Thứ ba, nên viết sách, báo, để quãng bá rộng rãi mọi hoạt động của Hội, nhằm tranh thủ sự đồng tình của dư luận thế giới, cổ động thật nhiều thanh niên sang Nhật du học…
Tại Nhật cụ Phan viết “Việt Nam Vong Quốc Sử”, Lương Khải Siêu viết lời tựa và giúp việc in ấn sách này. Tháng 6 năm Ất Tỵ (1905), cụ Phan và Đặng Tử Kính mang một số sách "Việt Nam Vong Quốc Sử" bí mật trở về lại Việt Nam.
Thấy việc cầu viện quân sự không được, cụ Phan đành nhờ Nhật giúp nhận thanh niên Niên Nam vào học tại các trường ở Nhật. Việc nầy được chính phủ Nhật chấp nhận, nên “Phong Trào Đông Du” được xuất hiện. Tại Việt Nam phong trào được cổ xúy mạnh mẽ, thanh niên tại Bắc Kỳ, Trung Kỳ và Nam Kỳ hưởng ứng rất nồng nhiết, nhất là tại Nam Kỳ. Theo “Việt Sử Tân Biên” (quyển 5, tập thượng, tác giả tự xuất bản tại Sài Gòn 1963, tr. 371), sử gia Phạm Văn Sơn ghi:
“...tại Nam Kỳ “phong trào Đông Du” đã nhận được sự giúp đỡ rất nồng nhiệt của Tri Phủ Trần Chánh Chiếu (hay Chiểu). Ông này lấy khách sạn Nam Trung để làm nơi gặp gỡ qua lại của những người yêu nước, cho lập ra Minh Tân Công Nghệ Xã nhằm chấn hưng “công, thương, nông nghiệp”, mà cũng nhằm có tiền giúp phong trào Đông Du. Ngoài ra, ông Chiểu (hay Chiếu) còn là Chủ Bút các tờ báo “Nông Cổ Mín Đàm” và “Lục Tỉnh Tân Văn”, cho đăng trên báo mình những bài có tư tưởng chống Pháp. Nhiều nhân sĩ khác ở Nam Kỳ cũng đã tham gia hoạt động cho Duy Tân Hội, nổi tiếng như các ông: Đặng Thúc Liêng, Nguyễn Thần Hiến, Nguyễn An Khương, Bùi Chí Nhuận, Đặng Minh Chương...”.

Đến tháng 10 năm Ất Tỵ (1905) cụ Phan trở lại Nhật Bản. Trong chuyến đi này có 3 thanh niên (Nguyễn Thức Canh, Nguyễn Điền, Lê Khiết), sau đó lại có thêm 5 người nữa (trong số 5 người nầy có Lương Ngọc Quyến, Lương Nhị Khanh, Nguyễn Văn Điến), tất cả đều là du học sinh.
Trên wikipedia ghi việc nầy như sau:
“Kỳ Ngoại Hầu Cường Để qua Nhật, được bố trí vào học trường Chấn Võ cùng với Lương Ngọc Quyến. Kể từ đó số học sinh từ Việt Nam sang du học tại Nhật mỗi ngày một tăng (tính đến năm Mậu Thân (1908) con đã lên tới khoảng 200), hầu hết đều vào học tại Đồng Văn Thư Viện ở Tokyo, sinh hoạt chung trong một tổ chức có quy củ gọi là Cống Hiến Hội...

Du học sinh Việt Nam tại trường Chấn Võ và Đông Á đồng Văn Thư Viện ở Nhật, đều được bố trí vào các ban ngành chuyên môn. Sáng học văn hóa, Chiều học quân sự và được luyện tập ở thao trường.

Để đưa mọi du học sinh vào nề nếp ngay từ đầu, cụ Phan vào giữa năm Đinh Mùi (1907) thành lập tổ chức Việt Nam Cống Hiến Hội (gọi tắt là Cống Hiến Hội), cử Kỳ Ngoại Hầu Cường Để làm Hội Trưởng và cụ Phan làm Tổng Lý kiêm Giám Đốc trực tiếp điều hành Hội.

Hội gồm 4 Bộ lớn, mỗi Bộ đều có 3 đại biểu của Bắc, Trung, Nam, đó là:

- Bộ Kinh Tài chuyên trách việc thu chi, gồm các ủy viên: Đặng Tử Kính, Đặng Bỉnh Thành, Phạm Chấn Yêm.

- Bộ Kỷ Luật chuyên theo dõi ưu khuyết và thưởng phạt học sinh, gồm các ủy viên: Đàm Kỳ Sinh, Phan Bá Ngọc, Hoàng Quang Thành.
- Bộ Giao Tế phụ trách việc giao thiệp với người nước ngoài và đưa đón người trong nước ra, gồm các ủy viên: Phan Thế Mỹ, Nguyễn Thái Bạt, Lâm Quảng Trung.
- Bộ Văn Thư chuyên trách việc giấy tờ đi lại, phát hành và lưu trữ các văn kiện, gồm các ủy viên: Hoàng Trọng Mậu, Đặng Ngô Lân và Hoàng Hưng.
Ngoài ra, còn có Cục Kiểm Tra để giám sát nhân viên các Bộ trên trong khi thừa hành nghiệp vụ, gồm các ủy viên: Lương Nhập Nham, Trần Hữu Công và Nguyễn Diễn.
Cùng trong năm Bính Ngọ (1906), cụ Phan Châu Trinh cũng đến Hương Cảng rồi qua Nhật. Hai nhà cách mạng Việt Nam gặp nhau, luận bàn chuyện quốc sự. Cả hai tuy rất quý mến nhau vì cùng có chung mục đích là “Phải đưa dân tộc Việt Nam thoát khỏi ách đô hộ của thực dân Pháp!”, nhưng người này đã chọn cho mình một hướng đi khác với người kia...
Với hoạt động của Duy Tân Hội, cụ Phan Bội Châu đã chọn những thanh niên trẻ, thông minh hiếu học, chịu được gian lao khổ sở đưa vào “phong trào Đông Du”. Những người này ngoài việc du học, còn phải tiến hành các hoạt động như:

1- Tuyên truyền, vận động các sĩ phu, các nhà doanh nghiệp và người dân yêu nước đứng ra lập các hội như: Hội Nông, Hội Buôn, Hội Học… việc làm này vừa để tập hợp quần chúng, vừa để có kinh phí chi dụng cho Hội.
2- Chuẩn bị khí giới tiến tới vũ trang bạo động. Đây là vấn đề khó nhất. Trong “Ngục Trung Thư” (Phan Bội Châu Toàn Tập), cụ Phan viết:
“…Phải chi mình ở vào những thời Đinh, Lý, Lê, Trịnh thuở xưa, thì chỉ vung tay mà kêu lên một tiếng, tức thời sóng dậy sấm vang chỉ là việc thành trong giây lát mà thôi. Nhưng đời nay thì khác hẳn. Từ lúc đời có súng đạn phát minh ra, bao nhiêu khí giới gọi là gươm giáo đao thương đã hóa ra đồ bỏ. Cái thứ để chặt cây làm mác kia, đời xưa người ta vác đi đánh Tần đuổi Sở được, chứ đời nay có dùng nó làm nên trò vè gì! Phải biết vũ khí của người Pháp tinh nhuệ hơn của người mình muôn lần ngàn lần…”.
3- Liên kết với các tổ chức kháng chiến khác.
Trong việc liên kết với các phong trào kháng chiến chống Pháp, cụ Phan gặp phải nhiều trở ngại, nhất là việc bàn kế sách hành động với cụ Phan Châu Trinh tại Nhật. Lúc đầu cụ Phan Bội Châu tưởng rằng mình có thể tranh thủ được sự đồng tình của cụ Phan Châu Trinh, nhưng rồi bị thất bại vì đường lối hành động cứu nước của hai người hoàn toàn trái ngược nhau:
Cụ Phan Bội Châu chủ trương thành lập chế độ “Quân Chủ Lập Hiến”,
Cụ Phan Châu Trinh không chấp nhận cách này, phản đối việc chủ trương:

Tại Sài Gòn, hai hội viên của Duy Tân Hội (Hoàng Quang Thanh và Đặng Bỉnh Thành) từ Nhật về Sài Gòn để nhận tiền quyên góp giúp du học sinh của “phong trào Đông Du” đang sống ở Nhật, bị Pháp bắt… Qua việc tra khảo hai người này, người Pháp biết được mọi hoạt động của phong trào Đông Du, nên đã ra lệnh;

- Các gia đình có cho con em du học tại Nhật phải cho gọi hết những người du học nầy về.

- Các Hội, nhất là các “hội buôn” có dính líu đến “phong trào Đông Du” đều bị Pháp cho người đến cơ sở khám xét, bắt giam vào ngục những người liên quan… 

Đến tháng 9 năm Mậu Thân (1908), muốn tận diệt phong trào Đông Du, Pháp phải ký với Nhật một thương ước, theo đó Pháp để Nhật vào Việt Nam mua bán; ngược lại Nhật phải trục xuất hết các nhà cách mạng và lưu học sinh Việt Nam ở Nhật ra khỏi Nhật (các du học sinh Việt Nam đa số đang học ở trường “Đông Á Đồng Văn Thư Viện” đều bị đuổi hết về nước). Và đến tháng 3 năm Kỷ Dậu (1909), Kỳ Ngoại Hầu Cường Để và cụ Phan Bội Châu là 2 người Việt cuối cùng của Duy Tân Hội trong phong trào Đông Du bị trục xuất khỏi Nhật. Việc nầy cũng đánh dấu sự chấm dứt mọi hoạt động của “phong trào Đông Du”.

Không thể hoạt động tại Nhật nữa, cụ Phan và những người trong Duy Tân Hội từ Nhật phải lánh sang Trung Hoa.   

Lúc này trong nước, thực dân Pháp cho quân truy lùng, bắt bớ, đàn áp mọi tổ chức có ý đồ quyên góp tài chánh, chuẩn bị vũ trang chống Pháp, đã gậy nhiều trở ngại cho việc hoạt động không chỉ cho các hội viên Duy Tân Hội mà còn cho bất cứ ai có hành động tương tự. Do đó, những người này nếu trốn thoát được phải tìm cách lánh sang các nước như Trung Quốc, Xiêm La hoặc Lào… để tiếp tục hoạt động.

Cuối năm Canh Ngọ (1910), cụ Phan đưa một số hội viên (khoảng 50 thanh niên) từ Quảng Đông (Trung Quốc) về Bạn Thầm (Xiêm La) xậy dựng căn cứ. Hằng ngày những người này phải lo tự sinh sống (cày cấy, trồng trọt để kiếm sống), học tập tài liệu chống Pháp, luyện tập võ nghệ… sẵn sàng chuẩn bị cho kế hoạch phục quốc sau này.

Năm Tân Hợi (1911), cuộc cách mạng do Tôn Dật Tiên lãnh đạo ở Trung Hoa thành công, khiến cơ đồ Nhà Thanh xây dựng 267 năm bị sụp đổ (sau ngày 12 tháng 12 năm 1911 lúc vua Phổ Nghi tuyên bố thoái vị, và nước Trung Hoa Dân Quốc ra đời.

Nhà Thanh cai trị Trung Quốc từ năm 1644 đến năm 1911). Nhà Thanh vốn thuộc người Nữ Chân, tự cho rằng mình là Hậu Kim Triều vào năm 1616 tại Mãn Châu, đến năm 1636 đổi tên thành "Thanh", mở rộng lãnh thổ về phía Đông và các nước chung quanh mình lập thảnh Đại Thanh Quốc. Nhà Thanh chinh phục Nhà Minh từ năm 1644 đến 1659, Đài Loan năm 1683, Mông Cổ  năm 1691, Tây Tạng năm 1751, Tân Cương năm 1759. Nhà Thanh đã củng cố quyền lực trên toàn cõi nước Trung Hoa, hoà nhập với văn hoá của người Hoa Hạ, tạo nên một Đế Quốc Trung Hoa vững mạnh nhất… Nhưng từ sau nửa cuối thế kỷ 19. Đầu thế kỷ 20, sức mạnh quân sự của họ giảm sút quá nhanh trước sức ép từ những cuộc nội loạn, thêm vào đó là sự chèn ép từ bên ngoài, tạo thêm điều kiện cho cuộc “cách mạng Tân Hợi” thành công.  

Từ Xiêm La (Thái Lan), cụ Phan Bội Châu trở lại Trung Quốc, cụ được Đốc Quân Thượng Hải (Trần Kỳ Mỹ) và Đô Đốc Quảng Tây (Hồ Hán Dân) giúp đỡ (cả vật chất lẫn tinh thần), nên cụ ở lại nơi này nhằm phát động phong trào mới chống Pháp.

Thượng tuần tháng 5 năm Nhâm Tý (tháng 6 năm 1912), một “Đại Hội Nghị” được tổ chức tại “từ đường nhà Lưu Vĩnh Phúc” (Quảng Đông), có mặt đông đủ đại biểu của cả 3 Kỳ (Bắc, Trung và Nam Kỳ thuộc VN) đưa ra quyết định:

- Giải tán Duy Tân Hội,

- Thành lập “Việt Nam Quang Phục Hội”, giao cụ Phan đảm nhiệm chức Tổng Lý. Thay đổi tôn chỉ từ “chủ nghĩa quân chủ” sang “chủ nghĩa dân chủ”.

Theo “Phan Bội Châu Toàn Tập” thì Việt Nam Quang Phục Hội chủ trương:

“đánh đuổi quân Pháp, khôi phục Việt Nam, thành lập nước Cộng Hòa Dân Quốc kiến lập Việt Nam”.

Tháng 5 năm Quý Sửu (1913), Hội Đồng Ðề Hình của Pháp quyết định xử chém 14 người có liên quan trong vụ ném bom ở HaNoi Hotel (*), trong đó có tên cụ Phan Bội Châu và Kỳ Ngoại Hầu Cường Ðể (tuy đứng ở hàng đầu của danh sách, nhưng cả hai đang sống lưu vong nên Pháp chưa bắt được).
(*)- Vụ ném bom ở Hà Nội Hotel:
Vụ này do Nguyễn Thế Trung là một thành viên của Việt Nam Quang Phục Hội, ngoài đời thường ông có tên là Phạm Văn Tráng, người Bát Tràng, nay thuộc huyện Gia Lâm (Hà Nội). Thuở nhỏ, ông sống tại Nam Định. Ông vốn là người rất gan dạ, có chí khí, văn võ toàn tài… Ông từng dạy chữ Hán tại làng Hành Thiện, nhưng theo Hồ Phương Lan trong cuốn “Thăng Long - Hà Nội, Ngàn Năm Văn Hiến” và “Từ Điển Bách Khoa Toàn Thư” ghi ông làm công nhân lái xe. Tháng 3 năm 1907, ông hăng hái hưởng ứng tham gia phong trào Đông Kinh Nghĩa Thục. Năm Nhâm Tý (1912), Việt Nam Quang Phục Hội được thành lập tại Quảng Đông theo “chủ nghĩa dân chủ” mục đích đánh đuổi người Pháp khỏi Đông Dương, ông liền gia nhập Hội này (trong “Hiệp Hội Tử Vì Nghĩa”). Tháng 12 năm đó, Phạm Văn Tráng được cử sang Nam Ninh (Trung Quốc) dự “đại hội đại biểu Việt Nam Quang Phục Hội”. Tại đây, Phạm Văn Tráng nhận nhiệm vụ ám sát Toàn Quyền Đông Dương (Albert Sarraut) và một số người Việt đang cộng tác đắc lực với hắn ta như Hoàng Cao Khải (Tổng Đốc Hà Đông), Nguyễn Duy Hàn (Tuần Phủ Thái Bình)... Để thực hiện việc này, Phạm Văn Tráng (còn có tên là Nguyễn Thế Trung), cùng Nguyễn Khắc Cần bí mật đem một số “tạc đạn” về cất giấu tại Yên Viên (quê của Nguyễn Khắc Cần, nay thuộc Gia Lâm, Hà Nội), rồi sau đó chia nhau đem theo chứng để đi thi hành nhiệm vụ…
Ngày 12 tháng 4 năm Quý Sửu (1913), (sách Đại Cương Lịch Sử của Đinh Xuân Lâm ghi ngày 13) Nguyễn Thế Trung đứng đợi tại con đường chính thuộc tỉnh lỵ Thái Bình. Khoảng 11 giờ 30 phút, chiếc xe kéo chạy qua trên có Tuần Phủ Nguyễn Duy Hàn, thấy mục tiêu chính xuất hiện, ông Trung liệng nhanh quả tạc đạn, tạc đạn nổ lớn, giết chết được viên Tuần Phủ Nguyễn Duy Hàn. Theo Wikipedia thì tài liệu này ghi theo “Cục Lưu Trữ” (hồ sơ số 69744 của Phòng Thống Sứ), nhưng sách “Đại Cương Lịch Sử Việt Nam” (Tập 2, NXB GD, 2006, tr.180) của nhóm Đinh Xuân Lâm thì ghi là ngày 13.

Tại Hà Nội, vào lúc 7 giờ 30 tối ngày 26 tháng 4 năm 1913 (Quý Sửu), khách ở trong HaNoi Hotel (Khách Sạn Hà Nội trên đường Paul Bert, nay là số 2, phố Nguyễn Khắc Cần, Hà Nội) đa số khách ở đây là người Pháp. Họ đang ngồi uống rượu và ăn tối ở sân trước, Nguyễn Khắc Cần và Nguyễn Văn Túy (Nguyễn Văn Túy là công nhân trong nhà máy xe lửa Gia Lâm, Hà Nội, và là thành viên trong Việt Nam Quang Phục Hội. Ông mới chính là người ném tạc đạn). Sau khi vụ việc xảy ra, ông Cần nhận hết tội về mình, phần ông Túy đã trốn được ra  ngoại quốc.

Theo “Histoire militaire de L'Indochine de 1664 à nos jours (1922), tr. 336, và “yết thị của Thống Sứ Bắc Kỳ ngày 27 tháng 4 năm 1913”, Vũ Văn Tỉnh dịch sang Việt ngữ như sau: “Trong vụ ám sát này làm chết 2 Trung Tá Pháp (Chapuy và Mongrand) và làm bị thương 6 người Pháp cùng 7 người Việt… Bị quân Pháp truy lùng gắt gao, Phạm Văn Tráng và Nguyễn Khắc Cần cùng các đồng chí khác trốn sang Trung Quốc, nhưng bị bắt ở biên giới Lạng Sơn”. Sách “Đại Cương Lịch Sử của nhóm Đinh Xuân Lâm” viết “...trong cuộc khủng bố lần này, quân Pháp đã bắt cả thảy 254 người mang về giam tại Hà Nội...”.

Đến ngày 29 tháng 8 năm ấy, thực dân Pháp mở phiên tòa đại hình xét xử 87 người trong ba ngày liền.

Và ngày 5 tháng 9, bảy người trực tiếp tham gia mưu sát, bị tuyên án tử hình, đó là:

Phạm Văn Tráng,

Nguyễn Khắc Cần,

Phạm Đệ Quý,

Vũ Ngọc Thụy,

Phạm Hoàng Quế,

Phạm Hoàng Triết,

Phạm Văn Tiên.

Riêng Kỳ Ngoại Hầu Cường Để và cụ Phan Bội Châu đang ở nước ngoài cũng bị kết án tử hình vắng mặt. Còn số người khác thì bị kết án khổ sai chung thân, lưu đầy biệt xứ, hoặc tù giam từ 5 đến 10 năm.

Ngày 24 tháng 9 cùng năm, 7 người bị tuyên án tử hình lần lượt bị đưa lên máy chém tại nhà lao Hỏa Lò (Hà Nội).

Về năm sinh của Phạm Văn Tráng không có tài liệu hoặc sử sách nào ghi rõ ràng, nhưng theo người dân Thái Bình thì kháo rằng “chí sĩ” Phạm Văn Tráng (người ám sát Nguyễn Duy Hàn. Tuần Phủ Thái Bình) bị “chém” lúc ông ta mới 28 tuổi. Nếu đúng ông Tráng chết lúc tuổi như người dân Thái Bình nói thì chúng ta có thể suy ra ông Phạm Văn Tráng sinh vào năm 1885 (?) và mất năm 1913.