Hưởng ứng “dụ cần vương” (có sách ghi là “chiếu cần vương”) của vua Hàm Nghi, các hoạt động chống Pháp lúc đó đa phần bị thất bại, nhất là các “phong trào nổi dậy” (bị tan rã sau khi vua Hàm Nghi bị bắt, sau đó bị Pháp đưa đi an trí tại Algeria - Bắc Phi). Tuy thế, nhưng sự căm thù giặc Pháp của dân tộc Việt Nam không bị tan biến theo mà ngược lại, nhiều cuộc nổi dậy, chống Pháp vẫn xảy ra khắp nơi trên toàn cõi Việt Nam từ Nam chí Bắc.
Thực tế lịch sử vào giai đoạn này, tại phương Đông, các nước lớn mạnh như Trung Hoa, Nhật Bản, đang trên đà phát triển nhờ áp dụng việc cải cách, duy tân, bằng hệ tư tưởng mới của hai ông Khang Hữu Vi, Lương Khải Siêu chủ xướng. Chính hệ tư tưởng nầy nó đã buộc nhà cầm quyền phong kiến phương đông, phải đưa ra những “biến pháp” thích hợp để giải quyết các mâu thuẫn xảy ra không những trong dân chúng mà ngay cả trong cung đình... Tại Trung Hoa, Nhà Thanh trước sự lớn mạnh của các nước phương Tây, đang là một nước “Quân Chủ Chuyên Chế”, buộc phải đưa ra “biến pháp” thay thế cách cai trị đã có hàng mấy trăm năm trước đây bằng chế độ mới nhằm thích nghi với tình thế hiện tại, đó là chế độ “Quân Chủ Lập Hiến”. Tại Nhật Bản, sự cải cách nầy còn mạnh hơn, khiến nước Nhật tiến xa hơn Nhà Thanh của Trung Hoa rất nhiều.
Là người Việt Nam đang sống và hoạt động tại Trung Hoa (sau khi tham gia vào các hoạt động chống Pháp do phong trảo Cần Vương khởi xướng), cụ Phan Bội Châu nhìn thấy được sự thay đổi nầy, cụ cho rằng chỉ có sự tiến bộ như nước Nhật mới có thể giúp dân Việt Nam đánh đuổi được thực dân Pháp mà thôi, cụ rời Quảng Châu sang Nhật.
Cụ Phan Bội Châu (潘佩珠) sinh ngày 26 tháng 12 năm Đinh Mão (1867 - Năm Tự Đức thứ 20) tại làng Đan Nhiễm, xã Nam Hòa, huyện Nam Đàn, tỉnh Nghệ An. Cha cụ là ông Phan Văn Phổ, và mẹ là bà Nguyễn Thị Nhàn. Lúc nhỏ cụ được cha mẹ đặt tên là Phan Văn San, nhưng về sau sợ phạm húy với Hoàng Tử Vĩnh San (con trai thứ của vua Thành Thái tức vua Hàm Nghi), nên phải đổi thành Phan Bội Châu (bội châu: đeo ngọc).
Cụ Phan nổi tiếng thông minh từ bé, lên 6 tuổi, trong 3 ngày học thuộc hết “Tam Tự Kinh”; lên 7 tuổi, cụ đã đọc và hiểu được sách “Luận Ngữ”; năm 13 tuổi, cụ thi đỗ hạng đầu của huyện. Vốn có lòng yêu nước từ tầm bé, nên khi mới 17 tuổi, cụ đã viết bài "Hịch Bình Tây Thu Bắc" đem dán vào cây đa đầu làng, hô hào mọi người hưởng ứng phong trào “Bắc Kỳ khởi nghĩa kháng Pháp”. Lên 19 tuổi (1885 - Ất Dậu), cụ cùng bạn là Trần Văn Lương lập đội “Sĩ Tử Cần Vương” (hơn 60 người) nổi dậy chống Pháp, nhưng vì lực lượng quá nhỏ bé, nên bị lực lượng thân Pháp đưa quân đàn áp dễ dàng khiến đội “Sĩ Tử Cần Vương” phải tan rã.
Gia đình lâm vào cảnh túng bấn, cụ Phan không thể hoạt động tiếp, đành kiếm sống bằng nghề dạy học, và tiếp tục đèn sách, mong tiến thân bằng con đường khoa bảng… Giai đoạn nầy, cụ thường làm bài mướn tại các trường thi để lấy tiền, có lần phạm húy, bị bôi tên trong danh sách ứng thi trọn đời… (thi không được chấm đỗ, mà còn bị can vào tội “hoài hiệp văn tự” - mang văn tự trong áo - ngày nay gọi là đem tài liệu vào phòng thi - nên lãnh bản án “chung thân bất đắc ứng thí” - suốt đời không được dự thi).
Năm Mậu Tý (1888), tuy chưa đạt công danh, nhưng cụ vâng lời song thân lập gia đình. Cụ cưới bà Thái Thị Huyên lớn hơn cụ một tuổi. Bà Huyên sinh năm Bính Dần (1866), tại thôn Đức Nam, xã Diên Lâm, huyện Nam Đàn, tỉnh Nghệ An. Thân sinh của bà là ông Thái Văn Giai, bạn học của ông Phan Văn Phổ (thân sinh của cụ Phan Bội Châu), chính vì tình bạn giữa hai người mà họ đã kết nghĩa thông gia bằng cuộc hôn ước giữa cụ Phan và bà Huyên khi cả hai lúc tuổi còn nhỏ. Đến năm 22 tuổi, bà Huyên mới về nhà chồng. Sống với cụ Phan được 8 năm, không con nối dõi tông đường nhà chồng, bà phải đi cưới vợ thứ (bà vợ thứ này có tên Nguyễn Thị Em). Tục lệ thời đó là vậy, vợ chồng ăn ở với nhau không có con nối dõi (con trai mới được), thì người “vợ cả” có bổn phận phải đi cưới “vợ bé” cho chồng, nếu người vợ bé này không có con trai nữa, thì người vợ lớn nhất, lại phải đi cưới vợ ba, vợ tư… cho chồng, việc nầy chỉ có thể chấm dứt khi gia đình họ có con nối dõi mới thôi. May cho cụ Phan, cưới bà Em về sống, không bao lâu sau sinh hạ cho cụ Phan một người con trai, đặt tên là Phan Nghi Đệ. Thấy bà Em sinh được con trai, bà Huyên (vợ cả) cũng sinh cho cụ Phan một người con trai nữa, tuy sinh sau, nhưng con trai bà Huyên được đặt tên là Phan Nghi Huynh (vì huynh là anh của đệ).
Năm Bính Thân (1896), cụ Phan Bội Châu vào Huế dạy học, cụ được nhiều vị quan tại đây mến tài, nhất là quan Tế Tửu Trường Quốc Tử Giám (Khiêu Năng Tĩnh), thầy của cụ, đã tâu lên vua (vua Thành Thái) xin xóa án cho cụ. Nhờ vậy, khoa thi Hương năm Canh Tý (1900) tại trường Nghệ An, cụ được chấm đậu Giải Nguyên.
Năm Tân Sửu (1901), cụ thi Hội nhưng không đỗ. Nghĩ rằng con đường khoa cử không giúp gì được, mà chỉ làm cho những người bám theo nó, nếu có đạt vinh hiển thì chỉ dẫn dắt dân tộc đi đến chỗ yếu hèn (đã có những vị khoa bảng cam tâm theo giặc Pháp để vinh thân phì gia…), đối với cụ “nó” không thể giúp mưu đồ việc lớn… Do đó, cụ lấy uy tín yêu nước đang có của mỉnh, đứng ra đảm trách, vận động mọi người tham gia phong trào Cần Vương (phong trào này gần như tan rã sau khi cuộc khởi nghĩa của cụ Phan Đình Phùng - Phong Trào Văn Thân thất bại).
Không chỉ một mình cụ Phan hô hào chống Pháp, mà hầu như khắp mọi nơi, các nhân sĩ yêu nước như Ðặng Nguyên Cẩn, Ðặng Thái Thân, Trần Quý Cáp, Ngô Ðức Kế, Huỳnh Thúc Kháng, Phan Châu Trinh, Nguyễn Hàm tức Tiểu La Nguyễn Thành (Miền Trung), Nguyễn Thượng Hiền, Lê Ðại, Nguyễn Quyền, Lương Văn Can (Miền Bắc), Nguyễn Thần Hiến, Trần Chánh Chiếu (Miền Nam)…, cụ Phan còn tìm lên tận Yên Thế gặp Hoàng Hoa Thám (Hùm thiêng Yên Thế), ông nầy đang làm cho quân Pháp thất điên bát đảo, để xem xét có thể làm những gì nhằm hỗ trợ cho nhau… 
Năm (1904), để công cuộc chống Pháp được “danh chính ngôn thuận”, cụ Phan đã bàn với ông Nguyễn Hàm (tức Tiểu La Nguyễn Thành - có sách viết là Tiểu La Nguyễn Văn Thành) và khoảng 20 người bạn khác, thành lập Duy Tân Hội tại Quảng Nam, chọn ông Cường Để (tức Kỳ Ngoại Hầu Cường Để, cháu đời thứ 5 của Hoàng Tử Cảnh – con trai đầu của vua Gia Long) lên làm Hội Chủ mà không chọn vị vua tại vị. Điều này có thể chứng tỏ cho mọi người biết “những vị vua hiện tại là những vị vua thân Pháp, hay ít ra cũng thỏa hiệp với Pháp, Pháp mới đưa lên ngôi, sẽ không gây hại cho quyền lợi của Pháp”.
Tình hình xã hội Việt Nam lúc bấy giờ quá rối ren, các cuộc khởi nghĩa chống Pháp nổi lên lẻ tẻ nhiều nơi, làm phân tán lực lượng các cuộc nổi dậy, khiến thực dân Pháp dễ dàng đưa quân đánh dẹp. Điều nầy khiến cụ Phan nhận thấy cần phải có sự đồng nhất trong cách hành động, hầu có sức mạnh mới mong giải thoát được dân tộc Việt thoát khỏi ách đô hộ của Pháp.  
Cụ Phan đi khắp nơi trong nước, từ Nam ra Bắc, gặp được nhiều nhà cách mạng, nhưng rồi cũng gặp nhiều trở ngại, nhất là các phòng trào nổi dậy phát xuất từ sự nóng vội (không thể chờ đợi lâu vì sự bóc lột thậm tệ của chính sách thực dân, họ vùng lên với bầu nhiệt huyết, nhưng xảy ra tại vài ở phạm vi nhỏ của địa phương, khiến quan lại tay sai của Pháp dư sức đưa quân đến nơi thẳng tay đàn áp, giết tróc dã man, làm chùng bước những nơi khác đang có ý đồ nổi dậy)… Thực tế đã chứng minh là nhiều phong trào nổi dậy kiểu đơn lẻ nầymau bị tan vỡ, các người lãnh đạo số bị giết, số bị lưu đày… Ngay lúc nầy hai vị yêu nước thiết tha có 2 quan niệm khác nhau:
- Cụ Phan Bội Châu lúc đó thấy cần phải canh tân nước nhà bằng thể chế “Quân Chủ Lập Hiến” nhờ vào Nhật Bản…
- Cụ Phan Châu Trinh thì quan niệm rằng phải dựa vào Pháp để chống lại chính sách của thực dân Pháp, mong rằng những người Pháp chân chính sẽ giúp đỡ Việt Nam làm thay đổi chính sách thực dân, thực sự giúp Việt Nam cải hóa, tiến lên.
Buộc lòng, cụ Phan Bội Châu đành phải hành động theo cách nghĩ của nhóm mình: cần có sự giúp đỡ của các nước lớn mạnh, nhưng không phải cùng phe với thực dân Pháp, và cũng không quá xa xôi với Việt Nam, cụ đã chọn Nhật Bản. Và rồi cụ hành động. Vào cuối năm Giáp Thìn (1904), trước khi sang Nhật, cụ Phan đã làm 2 giấy ly dị cho 2 bà vợ để 2 bà này khỏi bị liên lụy gì với cụ trong những hoạt động về sau này…
Tháng 6 năm Ất Tỵ (1905), cụ Phan cùng ông Đặng Tử Kính về lại nước, mang theo một số sách “Việt Nam Vong Quốc Sử”. Thàng 8 cùng năm, tại Hà Tĩnh cụ cùng một số người nòng cốt của Duy Tân Hội, bàn bạc mọi việc để thực hiện kế hoạch:
- Nhanh chóng đưa Kỳ Ngoại Hầu Cường Để sang Nhật.
- Lập các Hội Nông, Hội Buôn, Hội Học để tập hợp quần chúng và để có tài chánh cho Hội.
- Chọn một số thanh niên thông minh hiếu học, chịu được gian khổ, cho xuất dương du học… “Phong Trào Đông Du” xuất hiện.
+ Lập Duy Tân Hội:
Đây là tổ chức yêu nước chống thực dân Pháp do cụ Phan Bội Châu và ông Nguyễn Hàm cùng một số bạn hữu khác sáng lập tại Quảng Nam (1904), Hội này hoạt động mãi tới năm Nhâm Tý (1912) thì tự động giải tán. Nhưng trong những năm đầu của Hội (1905, 1906) Hội đã tạo nên luồng tư tưởng cách mạng trong giới thanh niên trí thức, họ hướng ứng một cách sôi nổi, nhiệt tình trong “phong trào Đông Du”, khiến phong trào này không chỉ dành riêng cho thanh niên tại Bắc Kỳ mà còn mà lan rộng khắp Trung Kỳ và nhất là ở Nam Kỳ.

Lúc đầu Duy Tân Hội chỉ là hội kín. Ngày 8 tháng 4 năm Giáp Thìn (1904), sau khi vào Nam Kỳ trở về, cụ Phan Bội Châu cùng Kỳ Ngoại Hầu Cường Để và hơn 20 người khác họp tại “Nam Thịnh Sơn Trang” nhà riêng của Nguyễn Hàm (tức Nguyễn Thành hay Nguyễn Tiểu La) ở Thăng Bình, Quảng Nam, lập ra Duy Tân Hội, mọi hội viên đồng tôn Kỳ Ngoại Hầu Cường Để làm Hội Chủ. Sở dĩ Hội tôn Kỳ Ngoại Hầu Cường Để lên làm Hội Chủ là giữ được tính “tôn quân” của các nho sĩ, sĩ phu yêu nước, sau là kết hợp được lòng dân… Các vị như: cụ Phan Bội Châu, Nguyễn Hàm, Trình Hiền, Lê Võ, Đặng Tử Kính, Đặng Thái Thân... tuy chỉ là những hội viên như những hội viên khác, nhưng phải đảm nhận mọi hoạt động trọng yếu của Hội. Cuộc hội họp này, về sau cụ Phan ghi trong “Tự Phán” (Phan Bội Châu Toàn Tập, tập 4, trang 43) như sau:
“…Đến ngày kỳ ước chính là thượng tuần tháng 4, tôi vào nhà Tiểu La (Nguyễn Hàm), có cả ông Kỳ Ngoại Hầu tới. Giữa Hội chỉ là người trọng yếu hơn hai chục người... Bắt đầu khai Hội từ buổi sáng qua chính trưa tan Hội. Tên Hội chỉ người trong Hội biết, không lập sổ sách, không biên chép họ tên, chương trình kế hoạch chỉ miệng trao lòng nhớ mà thôi. Đặt Kỳ Ngoại Hầu làm Hội Chủ, hễ lúc xưng hô chỉ gọi bằng “ông chủ”, cấm không được hở chữ "Hội" ra... Những tiếng xưng hô nhau, chỉ gọi bằng anh em, tuyệt không đặt ra danh mục gì...
Tuy cụ Phan đã viết trong “Tự Phán” như vậy, nhưng theo Việt Sử Tân Biên của Phạm Văn Sơn thì: “Phạm vi công tác được phân định như sau: Từ Nam Ngãi (Quảng Nam và Quảng Ngãi) trở vào Nam, do Nguyễn Hàm phụ trách; từ Quảng Bình, Quảng Trị trở ra Bắc thì do Phan Bội Châu đảm nhiệm”. Ở đây sử gia Phạm Văn Sơn muốn làm nổi bật vai trò chính yếu của hai nhân vật Nguyễn Hàm (Nguyễn Tiểu La) và Phan Bội Châu trong Duy Tân Hội.
Ban đầu, cụ Phan cùng một số thân hữu vạch ra cách hoạt động chống Pháp nhằm khôi phục lại nền độc lập cho Việt Nam, cụ thể là:
- Liên kết với các phần tử Cần Vương chưa bị Pháp bắt cùng các trai tráng vùng thượng du, dùng phướng thức bạo động để nổi dậy đánh Pháp.
- Tìm người trong dòng họ vua Nhà Nguyễn lập làm minh chủ, từ đó ngầm liên kết với những người có thế lực, tập hợp những người trung nghĩa để cùng nhau khởi sự.(Về việc tìm người trong dòng họ Nguyễn làm Hội Chủ, thì theo “Phan Bội Châu Toàn Tập” (Tập 4. NXB Thuận Hóa 1990, tr 36), cụ Phan đã viết: “Tiểu La (tức Nguyễn Hàm) nói với tôi rằng: Một khi ta khởi sự, trước hết phải thu lòng người... Vả lại sắp tính việc lớn, tất phải trù có món tiền thật to. Kim tiền nước ta là ở Nam Kỳ, mà khai thác ra Nam Kỳ là công đức triều Nguyễn làm. Vua Gia Long lấy lại nước rặt là nhờ tài lực ở trong ấy. Bây giờ nếu ta tìm được chính giòng Gia Long, đặt làm minh chủ, hiệu triệu Nam Kỳ tất ảnh hưởng mau lắm".
- Khi cần thiết sẽ phái người xuất ngoại cầu ngoại viện.
Hai phần một và hai, giao cho toàn thể hội viên đảm nhận; riêng phần thứ ba, Hội ủy thác cho Nguyễn Hàm và Phan Bội Châu bàn kín rồi thực hiện, các hội viên khác không được biết. Trong “Phan Bội Châu Toàn Tập, tập 6” có viết lại lời của Tiểu La Nguyễn Thành (tức Nguyễn Hàm) ở việc này như sau: “Tàu hiện nay quốc thể đã suy hèn, cứu mình không xong thì cứu được ai. Duy nước Nhật Bản là một nước tân tiến ở trong nòi giống da vàng mới đánh được Nga, dã tâm đang hăng lắm. Tới đó, đem hết lợi hại tỏ với nó, tất nó ứng viện cho ta. Nếu nó không xuất binh nữa mà (ta tới) mướn tư lương mua khí giới, tất có thể dễ lắm...”
Khi cụ Phan đề nghị để mình đi Nhật xin cầu viện, Hội đồng ý ngay.
Với 3 công việc này, có thể nói đây là “cương lĩnh” đầu tiên của Duy Tân Hội.Hai năm sau từ ngày Duy Tân Hội ra đời (Bính Ngọ - 1906), cụ Phan mới khởi thảo và cho in ra một chương trình hoạt động của Hội để công bố với mọi người. Đến lúc này mục đích của Hội mới rõ ràng: “Khôi phục nước Việt Nam, lập thành nước quân chủ lập hiến”.